L’agriculture représente 9 % des émissions anthropiques européennes lorsque l’on considère uniquement les émissions de méthane et de protoxyde d’azote émises par l’élevage, les cultures et les prairies. Ces émissions présentent une double contrainte rendant leur inclusion dans le système européen d’échange de quotas (EU ETS) difficile : elles sont diffuses et dépendent d’un ensemble de paramètres pédoclimatiques relativement durs à appréhender.

Lorsque l’on considère l’ensemble de la filière agricole, incluant les activités amont de production d’engrais, de produits phytosanitaires, d’alimentation animale, (etc.) ainsi que les émissions en aval dominées par le secteur agroalimentaire et en considérant également les émissions liées à la consommation d’énergie au sein des exploitations, le bilan de la filière s’alourdit considérablement. À l’intérieur de ce périmètre élargi, certaines sources d’émissions sont incluses dans l’EU ETS. Ce sont principalement les industries agroalimentaires qui sont concernées, mais les producteurs d’engrais, les serres chauffées ou encore les centres d’équarrissage le sont également. Même si la part des émissions de filière agricole et agroalimentaire couvertes par le marché européen d’échange de quotas est minime avec seulement 1,5 % de l’ensemble des émissions entrant dans le périmètre de l’EU ETS, ce sont plus de 800 sites industriels qui sont concernés, soient 8 % des installations couvertes par le système.

La filière agricole et agroalimentaire fait partie des bénéficiaires nets de l’EU ETS sur les deux premières phases (2005-2012), avec un excédent de 33 millions de quotas sur la période 2008-2011.Cet excédent, combiné à l’arbitrage entre quotas et crédits, représente un actif estimé à 495 millions d’euros. Même s’il n’a pas été intégralement valorisé sur le marché, cet actif dépasse très largement les coûts de transactions associés aux procédures de surveillance des émissions (MRV) et à la mise en conformité, estimés à 30 millions d’euros sur la même période. La filière agricole et agroalimentaire a donc trouvé dans le marché européen à la fois une source de revenus supplémentaires et une incitation à déployer des pratiques et des technologies moins émettrices.

Les règles changent à partir de 2013 : l’allocation de quotas est définie à partir de benchmark d’intensité carbone – et non plus basée sur les émissions historiques – et n’est plus entièrement gratuite pour les secteurs ne présentant pas de risque de fuite de carbone. Certaines installations agricoles et agroalimentaires devront donc payer pour une partie de leurs émissions.

Les installations assujetties à l’EU ETS devront alors réduire leurs émissions – certaines ont déjà commencé – pour se mettre en conformité. La principale solution est la substitution d’énergies fossiles par de la biomasse qui est considérée comme neutre en carbone. D’autres solutions commencent à se développer, comme la catalyse à haute température chez les producteurs d’engrais azotés, la récupération de chaleur